万方系统本科论文识别的方法主要包括：1.文本比对技术，通过与已有文献进行比对，识别相似度高的部分；2.图像识别技术，对文档中的图片、图表进行识别和比对；3.数据挖掘技术，从大量数据中挖掘出重复、抄袭等问题。通过综合运用这些方法，可以有效识别本科论文的原创性和质量。

除了以上提到的方法，万方系统本科论文识别还可以采用人工审核的方式，结合专业人员的经验和知识，对论文进行深入分析和评估。此外，还可以利用人工智能技术，如机器学习和自然语言处理，对文本进行自动识别和分析，提高识别的准确性和效率。综合多种方法，可以更全面地进行本科论文的识别和评估。